Ninjutsu to najbardziej popularna sztuka ninja, jaką się praktykuje. Podstawą w wykonaniu technik tego stylu jest odpowiednia kumulacja chakry oraz jej uwolnienie i wykonanie pieczęci dłońmi. W asortymencie technik Ninjutsu znajdują się zarówno te ofensywne, jak i defensywne. Są także takie, których używa się podczas misji zwiadowczych i szpiegowskich.

Plusy

- Koszt zwyklych jutsu obniza sie o 25 %
- Siła NinJutsu rośnie o 25%,

Minusy

- koszty Genjutsu wzrastają o 10 %