Mokuton - unikatowa zdolność Pierwszego Hokage, a teraz Yamato, polegająca na zamianie swej chakry w energie życiową. Niestety wraz z jego śmiercią ta umiejętność na długi czas poszła w zapomnienie, gdyż nikt nie odziedziczył po nim tej umiejętności. Mokuton pozwala użytkownikowi na nieograniczoną kontrolę nad ziemią i wodą, dzięki czemu może wytwarzać wszelaką roślinność i potem nią manipulować. Rozmiary i długości wytwarzanych roślin, są ograniczone jedynie do woli i ilości chakry posiadacza. Ponadto techniki Mokuton pozwalają na kształtowanie drewna według woli użytkownika (Yamato, na przykład potrafi wznieść wielką willę lub stworzyć klona z drewna), dzięki temu shinobi może tworzyć naprawdę wymyślne i oryginalne techniki, które jednak są w znacznym stopniu narażone na techniki powiązane z żywiołem ognia.

Poziom Pierwszy:
Na tym poziomie możliwości są dość ograniczone. Twoja kontrolna nad drewnem jest niewielka, mimo to możesz wytworzyć dużą pół-kopułe z drewna, która broni przed większością zwyklych ataków (Moku Jouheki). Dodatkowo Shinobi ma możliwość, stworzenia kilku drewnianych pali wyrastających z ziemi, dzięki którym można oplątać przeciwnika.
Kopuła - 500ch.
Pal - 80ch/sztuka

Poziom Drugi:
Twoja kontrolna nad drewnem jest dużo wyższa. Możesz tworzyć min. Drzewne klony (Moku Bunshin no jutsu), które są idealną kopią ciebie i w przeciwieństwie do zwykłych Kage Bunshinów mogą uzywać jutsu. Największą zaletą jest możliwość stworzenia " Drzewnego Więźienia " (Schichuutou no Jutsu) , które przypomina wielką klatke. Bardzo trudno się z niej wydostać, mają z tym problemy nawet doświadczeni Shinobi.Można również stworzyć pancerz z drewna wytrzymały na jutsu typu Suiton i Doton, ale podatny na Raiton i Katon, wytrztyma również większość Taijutsu.
Moku Bunshin (Drzewny Klon): 500ch/sztuka
Shichuutou no Jutsu (Klatka): 3.000ch
Drewniany Pancerz: 2.500, utrzymanie: 500 co tura.

Poziom Trzeci:
Twoja kontrola nad drewnem jest już tak silna, że możesz stworzyć wielki dom, lub las nawet w środku miasta. Możliwości tego poziomu są nieskończone i zależą jedynie od wyobraźni użytkownika. Wielką zaletą tego poziomu jest możliwość kontrolowania chakry Biju, co za tym idzie podczas walki z Jinchuuriki wraca do pierowtnej formy. Dodatkowo jeśli użytkownik tego poziomu jest Jinchuuriki może kontrolować w sobie bestje, jak tylko chce.
Kontrola Demona:
Shichuuka no Jutsu (Dom): 6.000ch
Hokage Shiki Jijun Jutsu - Kakuan Nitten Suishu (Panowanie nad Demonem): 15.000